母種在分離或轉(zhuǎn)管過程中，需要防止雜菌污染。被霉菌污染時(shí)，一般初為白色菌絲，菌絲纖細(xì)，顏色發(fā)暗，2—3天后出現(xiàn)黃、紅、綠等雜色斑點(diǎn)，比較好識(shí)別。而被細(xì)菌、酵母菌污染時(shí)，由于它們沒有菌絲，是單個(gè)細(xì)胞分裂繁殖，因此，污染嚴(yán)重時(shí)，在試管中可發(fā)現(xiàn)其菌落隆起，表面光滑，不透明，似蠟燭油狀。轉(zhuǎn)接母種中的細(xì)菌菌量不多時(shí)，食用菌菌絲和細(xì)菌能同時(shí)生長；因細(xì)菌很小，桿菌和螺旋菌只有0.1一0.2微米，而食用菌的菌絲較粗，當(dāng)細(xì)菌在競爭中不能形成菌落時(shí)，不易被肉眼發(fā)現(xiàn)，從而會(huì)造成母種的隱性污染。隨污染的程度不同，對食用菌母種長滿試管的時(shí)間及母種的健壯程度都有不同的影響，特別是用作轉(zhuǎn)接液體菌種影響更大。
    預(yù)防和純化母種的辦法是：制作母種時(shí)，棉塞要松緊適度，接種要嚴(yán)格進(jìn)行無菌操作。另外在配制母種培養(yǎng)基時(shí)，可在培養(yǎng)基內(nèi)對入一定量的慶大霉素或氯霉索，能有效地預(yù)防母種污染。在生產(chǎn)中如發(fā)現(xiàn)菌絲生長緩慢、菌絲無原因地受阻，要立即淘汰。